CAGE和SAGE都是从反转录(RT)开始，但有两处明显的不同:①CAGE的RT反应中包含海藻糖；②CAGE分析时使用帽捕获器(captrapper)，即在mRNA和cDNA杂交分子中用生物素标记mRNA的帽。以下分析不正确的是

试卷相关题目

• 1如果每个个体是一篇漂亮的文章，那么基因组序列就好比组成这些文章中所需字词的“字典”。现在已经知道了很多“名词”，即知道了基因组中的基因；但还不知道“动词”、“形容词”、“副词”，即不知道基因何时表达及其表达量如何；更不知道写文章时的“语法”，即不知道它们是怎样发挥作用的。而提供数据库及全面理解基因组学“语法”所需的注解工具，就是生物信息学。从这个比喻中，可以知道

  A.每个个体的不同，是由于“字典”中的“名词”不同

  B.“动词”是指反式调控因子，如转录因子、激活蛋白等

  C.“形容词”是指顺式调控元件，如启动子、增强子等

  D.“副词”是指反式调控因子与顺式调控元件的作用方式、强度等

  E.大部分基因组的序列信息在“字典”中还没有解释

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• 2从完成的人类基因组图谱中，可以了解到：总共22289个基因，共有出现34214个转录物，大约每个基因出现1.5个转录物。这些基因表现231667个外显子，即每个基因含10.4个外显子，包括所有这些外显子的DNA是34Mb，这只是人类基因组常染色质的1.2%。从这些信息中可以得出

  A.最小生命基因组34Mb就够了

  B.转录物比基因多，是因为非基因区也可转录

  C.人类基因组的大部分不包含蛋白质编码基因，而是编码rRNA、tRNA、snRNA和miRNA等

  D.人类能产生的蛋白质种类不可能比22289个基因多

  E.所有22289个基因功能都已经注释

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• 3鉴定疾病相关突变基因的案例：亨廷顿病（Huntmgton’sdisease，HD)是一种渐进性神经紊乱症。此病刚开始表现为无法察觉的轻微痉挛和行动笨拙，发展到晚期的患者看起来具有戏剧般的表情，因此也被称作大舞蹈症。利用RFLP技术，将亨廷顿病相关基因定位到4号染色体末端，然后用外显子捕获法确定了该基因。引起HD的突变是基因中CAG重复序列从正常的11〜34个拷贝增加到至少38个拷贝。在所有未患病个体中，CAG重复数为11〜34；而所有患病个体，CAG重复数至少42个，甚至高至100。而且，HD的严重性或发病年龄与CAG的拷贝数具有相关性，即通过查看该基因中CAG的重复数就可预测一个人将来是否会患HD。从以上叙述中可以推测

  A.HD这个显性基因控制了亨廷顿病

  B.获得基因组全序列的最大好处是不需要上述那样定位克隆，可以直接根据序列获，得疾病相关突变基因

  C.以RFLP将HD基因定位在4号染色体上是以与分离的单条染色体交发现的

  D.由于种属的差异，小鼠HD基因突变无法验证HD的功能

  E.通过HD基因的CAG重复数的计算，预测HD的发病年龄已在临床大规模推广

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• 4DNA元件百科全书(ENCODE)计划的主要结果不包括

  A.DNA甲基化和组蛋白的修饰可以影响DNA转录的速率

  B.三维结构的扭曲和盘绕可以拉近一维结构中相距较远的功能元件，从而调控转录

  C.DNaseI超敏区的核小体平移表明了转录因子与转录蛋白结合于特定的DNA区域

  D.分析了基因组编码区和非编码区转录产物的质量

  E.确定了人类基因组中约20%的序列是没有功能的垃圾序列

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• 5生物信息学

  A.就是将现有的研究结果数字化，并将这些信息建成数据库

  B.如专注于研究一个基因的功能，就用不上生物信息学

  C.主要任务就是建立和使用生物学数据库

  D.还不能处理目前实验所获得的全部研究结果，所以无法系统解释生命

  E.还不能提供基因组学所需的注解，是因为不同实验所得结果相互矛盾

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• 6年龄相关性黄斑变性(age-related macularde generation，AMD)是老年失明的常见原因。从1162〇4个SNP中筛选与AMD相关的位点，并发现了一个高度相关的SNP位点，其等位基因在AMD患者中出现的频率显著高于正常对照组。随后发现，该SNP位于CFH基因(complementfactorH，编码补体因子H)中，该基因功能可调控对炎症反应起控制作用的补体级联反应。2005年末，报道了CFH和AMD相关，发现了CFH的一个高危突变和其他几个似乎具有保护作用的突变。从上述叙述中，支持下述推断的是

  A.触发炎症反应可能有助于预防和控制AMD

  B.炎症在AMD发病过程中起重要作用

  C.这些变异足以提供个性化治疗AMD的方案

  D.HapMap的公布使AMD的SNP鉴定变得更为复杂

  E.这一CFH的SNP属结构变异

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• 7前列腺癌致死的主要原因是发生转移。为了发现前列腺癌淋巴结转移的早期诊断标记物，采用蛋白质组学2DE-DIGE技术比较了10例前列腺增生组织、10例原位前列腺癌组织、8例前列腺淋巴结转移组织之间蛋白质表达的差异。结果共2018个蛋白质点被配对，其中80个蛋白质点在原位前列腺组织与淋巴结转移前列腺癌组织中表现出明显的差异，经过MALDI-TOF/TOF-MS分析，鉴定了58种差异蛋白质，其中在淋巴结转移前列腺癌中，表达上调的有35个，表达下调的有23个。接下来，应该

  A.鉴定所有2018个配对的蛋白质

  B.制备或购买58种差异蛋白质的抗体，逐一验证表达是否有差异

  C.表达上调的更重要，收集更多的临床样品来验证这35个上调蛋白质

  D.首先是生物信息学分析所有鉴定的58种差异蛋白质，缩小分析验证的范围

  E.这些差异蛋白质肯定不会表现在相应患者血清中，所以血清验证没有意义

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• 8分别收集EGF剌激0min、5min、10min和30min的184A1乳腺癌细胞，提取蛋白质，分别进行酶解，然后采用iTRAQ试剂中的114Da、115Da、116Da和117Da不同同位素标记。将它们等量混合，采用抗泛酪氨酸磷酸化抗体进行免疫沉淀，再经过固相金属亲和层析(Im¬mobilizedmetalaffinitychromatography，IMAC)进一步纯化，最后用LC-MS/MS鉴定与定量分析获得不同iTRAQ标记的、混合的酪氨酸磷酸化肽段，并确定酪氨酸磷酸化位点。通过上述研究，可以发现

  A.iTRAQ只能相对定量，就像上述研究中通过不同实验组的比较才能获得酪氨酸磷酸化的比例

  B.因为基于抗体免疫沉淀，所以不可能发现新的参与该过程的酪氨酸磷酸化蛋白质

  C.对磷酸化肽段肯定能鉴定分析出来，但对去磷酸化就无能为力了

  D.依据不同蛋白质磷酸化出现的先后顺序，可以建立它们之间的上下游关系，从而动态地了解EGFR信号通路的转导过程

  E.生物信息学分析在整个研究过程中用不上

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• 9为了阐明miR-373促乳腺癌侵袭转移的分子机制和发现miR-373新的靶标因，有研究人员在前期研究中采SILAC定量蛋白质组学高通量策略分析了miR-373转染乳腺癌细胞MCF-7前后细胞内蛋白质表达水平的差异，即将miR-373转染13C6-Lys(重同位素)标记的MCF-7细胞、NCmiRNA(阴性对照)转染12C6Lys(轻同位素)标记的MCF-7细胞，按两者细胞总蛋白等量混合，然后经SD&PAGE分离和LTQ-Orbitrap质谱鉴定与定量分析，总共鉴定出335种差异表达的蛋白质分子，其中有30种以上已经证实与肿瘤侵袭转移密切相关。从中可以得出

  A.这335种差异表达的蛋白质肯定都是表达下调的

  B.差异表达的蛋白质是由于miR-373通过mRNA降解或抑制其翻译而导致了蛋白质表达水平下调的

  C.这335种差异表达的蛋白质的mRNA都应该可以用miRNA靶标预测软件miRanda和Targetscan预测出来

  D.由于细胞培养过程中的稳定同位素标记技术(SILAC)本身的不足，而遗漏一些差异表达的蛋白质

  E.最后仅得到5个受miR-373调控的靶标基因

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• 10为了鉴定肿瘤细胞分泌组中的磷酸化蛋白质，以超滤对条件培养基进行脱盐和浓缩处理，然后进行酶解，用TiO2富集蛋白质酶解肽段中的磷酸化肽段，经过LC-MS/MS分析，有49种蛋白质的62个独有的肽段上鉴定出142个磷酸化位点。从中可以推断

  A.开展这一实验，很可能是用无血清培养的细胞

  B.开展这一实验之前，无需分析细胞分泌组中是否存在磷酸化蛋白质。

  C.这些蛋白质大多数是通过经典分泌途径分泌的D之所以用TiO2，是因为其仅特异地结合磷酸化肽段。

  D.之所以用TiO2，是因为其仅特异地结合磷酸化肽段。

  E.与固相金属离子亲和色谱（immobilized metalaffinitychromatography，IMAC)富集磷酸化肽段相比，IMAC比TiO2具有更高的富集效果和特异性

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